Santa María del Oro (la laguna) se llama así pues se encuentra en el municipio con el mismo nombre. Este último a su vez se llama así en honor a la patrona del lugar y a las tres minas de oro que se encuentran en en las cercanías del poblado.
El cráter de la laguna de Santa María del Oro se formó por la caída de un aerolito en la Sierra Madre Occidental. Los locales del lugar durante años afirmaron que nunca se había encontrado el fondo de la laguna. La historia contaba que en el centro de la laguna, quizá, por tratarse de un cráter, el orificio que se había formado hacía un canal que muy probablemente atravesara profundas capas de la Tierra. Un estudio de la UNAM reciente, sin embargo, ha arrojado que el fondo de la laguna es de 60 m. Este estudio del Laboratorio de Paleolimnología del Instituto de Geofísica, dependiente de la UNAM, determinó que la laguna mide en su diámetro 2. 25 km.
La leyenda más antigua y conocida del sitio cuenta que esta laguna nació como resultado de un amor prohibido.Había una ciudad llamada Michiztlán donde vivía la hermosa hija del rey Tepozilama. Un día ella salió a pasear con sus damas. Entrevió a un venado herido, se acercó a él para cuidarlo y de pronto Pintontli, un joven guerrero, le cuestionó qué hacía. Cuando se vieron quedaron enormemente enamorados aunque sus ciudades eran enemigas.Cuando el padre de Tepozilama descubrió que su hija veía a escondidas al príncipe Pintontli, mandó amarrar a ambos sin comer. Entonces las lágrimas de los dos enamorados llenaron la actual laguna.