El nombre de este municipio tuvo un origen muy curioso, se dice que a la llegada de Francisco Cortés de San Buenaventura, los indígenas del lugar lo recibieron de manera afectuosa portando, en la mano y en el carcaje, una banderilla de plumería de color que, aunada a las banderas que enarbolaron los españoles, dio gran colorido al suceso.
Por este hecho, los conquistadores denominaron “Valle de Banderas” al lugar donde se ubicaba el pueblo de Tintoc, capital antigua de un pequeño cacicazgo de indios “cuyutecos” pertenecientes al gran reino de Xalisco. Con el paso del tiempo, la zona fue conocida como Bahía de Banderas, nombre que habría de conservar al decretarse, en diciembre de 1989, su designación como municipio del estado de Nayarit.
En la época prehispánica habitaron la región tribus de origen náhuatl, cuyos vestigios arqueológicos son cuantiosos, entre ellos destaca Loma Cayero en Punta de Mita, antes Tinoc, recinto ceremonial constituido por un conjunto arquitectónico de tres esculturas de gran sencillez y belleza.
Otras investigaciones revelaron que en esta región de la costa, los habitantes enterraban a sus muertos en grandes ollas, aunque también se han encontrado tumbas de tiro. En el poblado de San Vicente se encontraron también 18 esculturas talladas en piedra, cuyas dimensiones van de los 15 a los 17 centímetros de altura, aunque se desconoce la época a la que pertenecieron.
Francisco Cortés de San Buenaventura y Fray Martín de Jesús, atraídos por leyendas que hablaban de enormes riquezas en oro y de las mujeres guerreras que gobernaban estas tierras, descubrieron y conquistaron en 1525 el pueblo de “Tintoque”, que en 1931 formaría parte del reino de la Nueva Galicia.
Durante el siglo XVII, los hacendados que se aposentaron en la región intensificarían el cultivo del tabaco en los valles de la localidad; más tarde, durante el siglo XVIII, la bahía sería empleada como refugio de embarcaciones que transitaban en dirección a San Blas y Acapulco. Durante esa misma época, la región disponía de una de las cuatro alcaldías mayores del territorio, la de Compostela.
En 1823, época de la consolidación de la independencia, la localidad estuvo integrada a la partida de Compostela del Séptimo Cantón del estado de Xalisco; en 1846, formó parte del departamento y prefectura de Compostela; en 1985, pasó a formar parte del territorio de Tepic; en 1904, se creó la subprefectura de Valle de Banderas; en 1918, con la promulgación del Estado Libre y Soberano de Nayarit, el Valle de Banderas quedó integrado al municipio de Compostela, lugar prácticamente ajeno a los acontecimientos revolucionarios a donde sólo llegaban noticias de incursiones cercanas a la región; en 1924, se enfrentaron tropas del gobierno y del general Huerta.
En 1937, se asignó por resolución presidencial una dotación de tierras al ejido de Valle de Banderas. De los años cuarenta a cincuenta, el desarrollo de la región se orientó más hacia el estado de Jalisco que a la misma localidad.
En noviembre de 1970, se creó el fideicomiso de Bahía de Banderas que impulsaría el desarrollo turístico de la región, hecho que se complementaría con la pavimentación de la carretera federal Tepic- Puerto Vallarta, Jal., a mediados de esta década.
Por decreto número 7,261, expedido en diciembre de 1989, se crea el nuevo municipio de Bahía de Banderas que lo separaría territorialmente de la localidad de Compostela, pasando a ser parte de la división política del estado de Nayarit como el municipio número 20.
