San Pedro Lagunillas fue un pueblo indígena llamado “Ximochoque”, el cual se constituyó como uno de los cacicazgos del reino de Xalisco. A la llegada de los españoles al mando de Nuño Beltrán de Guzmán, en 1530, “Ximochoque” era gobernado por Masmayo.
De 1592 a 1604, realizada la conquista, el fraile Bernardo de Balbuena tuvo a su cargo la administración religiosa de las minas del Espíritu Santo y San Pedro Lagunillas, y su padre, del mismo nombre, la administración de las propiedades de los condes de Miravalle. Durante esta época, se desarrollaron encomiendas mineras y agrícolas, cobrando auge, a fines del siglo XVIII, la hacienda de “El Conde”.
Durante la guerra de la independencia, en 1821, vecinos del lugar participaron en un combate librado cerca de San José del Conde en favor de la lucha libertaria. Más tarde se juró el Plan de Iguala o Pacto Trigarante.
En 1825, San Pedro Lagunillas fue considerado municipio del departamento de Compostela conforme a la división política del Estado de Jalisco, dentro del séptimo cantón. En 1855, Don Prudencio García y la asamblea de notables firmaron el acta de adhesión al Plan de Ayutla.
El 6 de mayo de 1861, Manuel Lozada atacó e incendió San Pedro Lagunillas donde murieron 260 personas, en la hoy conocida, plaza de “Los mártires”. En 1883, San Pedro se integró a la prefectura de Compostela del territorio de Tepic.
El 5 de febrero de 1918, con la promulgación de la constitución del Estado Libre y Soberano de Nayarit, se crea el municipio de San Pedro Lagunillas, que comprendía a la cabecera del mismo nombre y las localidades de El Conde, Tequilita y Tepetiltic. Poco después se fundaron Milpillas, Las Guásimas, Cerro Pelón, entre otras.
